中心十分重视科学研究工作，鼓励和支持各级人员申报各级竞争性的科研课题，开展眼科的基础研究、临床研究和两者结合的研究，开展从整体到细胞、分子基因水平的研究。从1996年起，中心的科学研究分别获得多途径的基金资助：获得包括国家“973计划”首席课题1项、“863计划”4项、“十五、十一五”国家科技攻关计划4项，国家自然科学基金创新群体项目1项、国家杰出青年基金4项、国家自然科学基金重点项目1项等国家级课题92项、国际合作课题13项、省部级课题283项、厅局级课题107项等共599项，研究总经费达8000多万元。经过广大专业人员的开拓性科学研究，在科学研究方面取得令人瞩目的成就，部份研究项目达到国内领先水平，处于国际先进水平，共获科技成果奖90项：其中获国家科技进步奖7项、省部级成果奖61项，厅局级成果奖22项。《表面角膜镜片术的系列研究》、《治疗性角膜移植系列研究》和《角膜形态学及全角膜厚度的系列研究》、“葡萄膜炎发生及慢性化机制、诊断和治疗研究”获国家科技进步二等奖；《白内障的防治研究》、《葡萄膜视网膜炎发病机制的系列实验研究》和《准分子激光屈光性角膜手术系列研究》获国家科技进步三等奖；《白内障防治技术》被列为卫生部十年百项推广项目之一，面向农村和基层推广该技术。