角膜炎治疗的原则为积极控制感染，减轻炎症反应，促进溃疡愈合，减少瘢痕形成。
细菌性角膜炎宜选用敏感的抗生素进行治疗。首先临床医生应根据经验和疾病严重程度，使用对病原体有效的或广谱抗生素治疗，待实验室检查结果证实病原菌后，再调整给予敏感抗生素进一步治疗。值得注意的是抗生素广泛使用，导致细菌对常用抗生素产生不同程度的耐药性及耐药菌株急剧增多。抗真菌药物仍是治疗真菌性角膜炎的重要手段，但目前缺乏高效，低毒、广谱抗菌的理想药物。临床上多采用联合用药的方法以提高疗效，病情严重者可配合全身用药。单疱病毒性角膜炎可使用高选择性抗疱疹病毒药物治疗，联用干扰素可提高疗效。防止复发也是治疗的重点，但目前尚无特效药物。病人进行药物治疗后，医生要对病人的治疗反应进行跟踪。判断临床改善的指标有上皮缺损修复，浸润和炎症的密度减轻、溃疡病灶减小，疼痛减轻以及上皮愈合等。临床反应的评价为调整治疗提供依据。非常重要的是，要认识到许多局部抗生素对上皮有毒性作用，可能改变角膜外观，特别是点状角膜上皮病变，基质水肿，因此进入角膜炎症进入恢复期后要减少不必要的用药。
糖皮质激素的应用要严格掌握适应证，若使用不当，可致病情恶化甚至角膜穿孔致盲。细菌性角膜炎急性期一般不宜使用糖皮质激素，慢性期病灶愈合后可酌情使用。真菌性角膜炎禁用糖皮质激素。单疱病毒性角膜炎原则上只能用于非溃疡型的角膜基质炎。
并发虹膜睫状体炎时，轻者可用短效散瞳剂托品酰胺眼药水滴眼，炎症强烈者可用1%的阿托品眼药水或眼膏散瞳。胶原酶抑制剂可减轻角膜基质层胶原结构的破坏。药物治疗无效溃疡穿孔或行将穿孔者，应采取治疗性角膜移植术 ，清除病灶，术后继续药物治疗。绝大部分病人可保存眼球，还可恢复一定视力。
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