全身及实验室检查眼眶疾病与全身关系密切，应重视该项检查。如眶周围组织的炎性病灶可引起眶蜂窝织炎；甲状腺功能亢进患者可发生眼部病变；眼眶神经纤维瘤多伴有全身皮肤的咖啡色斑及软性肿物；儿童时期的恶性肿瘤应排除血液系统疾病；眼眶的转移性肿瘤应寻找原发灶。
实验室检查方法很多，除了细胞学、血清及生化检查外，还包括细菌培养、病毒分离、免疫组织化学、放射免疫组织化学、特殊染色、电子显微镜、基因诊断等。与眼眶疾病关系密切的还有甲状腺功能检查，包括：甲状腺吸碘率、甲状腺抗体、促甲状腺受体抗体、血清三碘甲状腺原氨酸（T3）、甲状腺素（T4）、T3抑制实验、促甲状腺素释放因子实验等。