抗菌药物的发明和使用是20世纪最伟大的医学成就之一，这类药物在控制危害人类健康的感染性疾病当中发挥了重要的作用，但随着抗菌药物的广泛使用，出现了一系列新的问题。其中，不合理使用会导致细菌对抗菌药物的敏感性减小甚至消失，使抗菌药物疗效降低甚至无效，产生细菌耐药。由此可能导致一系列问题，如耐药细菌感染的患者会面临更复杂的治疗问题，使住院时间延长，个人和社会经济负担加重，甚至威胁到了人类的健康和生命。
因此，合理应用抗菌药物是提高疗效、减少或延缓细菌耐药发生的关键。眼科抗菌药物的使用与全身用药一样，首先要有使用抗菌药物的指征以及选用的品种及给药方案是否正确和合理。初步诊断为细菌性感染者以及经病原检查确诊细菌性感染者方有指征使用抗菌药物。缺乏细菌及上述病原微生物感染的证据，诊断不能成立者，以及病毒性感染者，均无使用抗菌药物的指征。
眼科常见的病原菌为表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、淋病奈瑟球菌、脑膜炎球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、结膜炎杆菌、铜绿假单胞菌等。如果公众感染了细菌性结膜炎，角膜炎，应尽早局部应用能覆盖常见病原菌的抗菌药物进行经验治疗，然后根据病原检查结果，选用敏感的抗菌药物进行治疗。
世界卫生组织发出呼吁， 控制抗菌耐药，今天不采取行动，明天将无药可用 。抗菌药物的未来取决于我们所有人。鼓励公众和卫生工作者提高对抗菌药物耐药性的认识，合理使用抗菌药物，是避免抗菌药物耐药性的进一步出现和蔓延的最佳做法。