飞秒激光手术的优势主要包括切削精准、复位准确、手术安全、避免医源性感染、术后视觉效果好。
飞秒激光手术是由电脑操控的全激光手术，切削的精准度是传统板层刀的100多倍，并且在手术后患者的角膜更接近角膜原本的状态，避免并发症的出现。在手术过程中全程电脑操控，减少了医源性并发症的发生。手术后的患者建议好好休息，规范用眼，遵医嘱使用术后眼药水，定期复查。
飞秒激光是一种以脉冲形式运转的激光，是一种近红外光，波长1053nm，持续时间非常短，只有几个飞秒，一飞秒就是10的负15次方秒，也就是1/1000万亿秒。”它被应用到近视矫正中，完全不使用刀片，利用其高精度、高功率和高分辩的特性，使处于同一厚度的角膜层间的细胞分解扩展而做出均匀一致的角膜瓣。
飞秒优势大致可以分为五点
1、切削更精准，飞秒激光近视手术是由电脑控制的全激光手术，与传统的金属角膜刀相比，飞秒激光制瓣时，可采用纯平制瓣技术，保证瓣的厚度均匀一致，个性化设定角膜瓣的厚度、直径、形状，角膜瓣蒂的位置和蒂的宽度，整个过程完全由计算机程序控制，精确度控制在10μm-15μm以内，精确度是板层刀的100多倍。
2、复位更准确，术后更接近角膜原态，板层刀是水平切削，而眼球表面是一个球体，所以制作的角膜瓣剖面呈杯盖型，与眼球基体的固着性不够好，而飞秒激光制作的角膜瓣与眼球基体呈地下井盖切合式咬合，复位轻松，咬合紧密，不会错位，避免了并发症的出现。
3、手术更安全，飞秒激光手术是通过计算机的控制进行全激光手术，不再使用板层刀制作角膜瓣，飞秒激光的运用大大消除了由于使用角膜刀而引发威胁到视力水平并发症的可能性，避免了由于角膜瓣制作不均匀所导致的不规则散光的可能，以及金属角膜刀制瓣时可能出现的医源性像差等并发症，术后有更好的视觉敏感度，手术更加安全。
4、避免医源性感染，许多小型激光眼科机构实施LASIK手术时，为降低手术成本，并未严格实施一人一刀片的原则，将一次性手术刀反复使用，大大增加了交叉感染等医疗隐患。飞秒激光使人类第一次在角膜手术上离开了板层刀，手术过程中发生交叉感染的情况就成为了历史。
5、术后视觉质量更完美，飞秒激光可以精准地打开眼部组织分子链，制作出更均匀、更完美的角膜瓣，有效避免了板层刀制瓣可能出现的医源性像差等。避免了雾天、下雨天以及夜晚开车等视物条件下出现的眩光、模糊等情况，让近视者获得趋于完美的视觉质量。