如果进行充分的药物治疗后，角膜炎仍然得不到控制，在组织内压和细菌毒素的双重作用下，角膜基质组织坏死脱落，形成角膜溃疡，若溃疡继续向深部发展，则会引起角膜部分的全层坏死而穿孔。如果不进行治疗性的角膜移植手术，炎症会迅速向眼内扩展，最后导致全眼球炎而丧失眼球。此时，如果进行角膜手术，则可以通过切除病变组织，使药物容易进入角膜组织和眼内，从而有利于控制炎症而挽救眼球。
但是，由于此时的角膜移植手术是在眼球处于一种极度充血的炎症状态下手术的，而且还未有效控制炎症，所以术后炎症可能重新死灰复燃；另外，炎症期的角膜移植手术的排斥反应也是很高的，从视力的角度来看，此时角膜移植的主要目的是挽救眼球，是治疗性的目的而不是光学性的增视目的。