医生建议要是得了结膜炎后要积极治疗，一般要求要及时、彻底、坚持。一经发现，立即治疗，不要中断，症状完全消失后仍要继续治疗1周时间，以防复发。
治疗可冲洗眼睛，在患眼分泌物较多时，宜用适当的冲洗剂如生理盐水或2%硼酸水冲洗结膜囊，每日2至3次，并用消毒棉签擦净睑缘；也可对患眼点眼药水或涂眼药膏；而用湿毛巾包在眼睛上冷敷或是用冰块冰敷都有一定效果。
如为细菌性感染，可根据检查出的菌种选择最有效的抗生素眼药水滴眼，根据病情轻重，每2至3小时或每小时点眼药1次。常用眼药水有10%～20%磺胺醋酰钠，0.3%氟哌酸，0.25%氯霉素眼药水等。晚上睡前可涂抗生素眼膏，如环丙沙星、金霉素或四环素眼药膏，每次点药前需将分泌物擦洗干净，以提高疗效。
对混合病毒感染的结膜炎，除应用以上药物治疗外，还可用抗病毒眼药水，如为腺病毒可用0.1%羟苄唑眼药水、0.1%肽丁胺乳剂；如为小病毒可用0.1%疱疹净、0.1%无环鸟苷眼药水等，每日2至3次，必要时还可应用干扰素等。有条件时可进行细菌培养，并作药敏试验，以选用适当的抗生素。当炎症控制后，为预防复发，仍需点眼药水1周左右，或应用收敛剂，如0.25%硫酸锌眼药水，每日2至3次，以改善充血状态，预防复发。
医生同时建议患者其实口服和输液都不需要，关键是局部用药量要足够，要频繁点药，最好是10分钟一次。诺酮类的眼药水加上抗病毒眼药水是最佳组合，同时必须加大抗生素含量。专家还建议已经感染的市民最好不要去药店自己买药搞掂，一定要到医院就诊对症下药。